Nainggolan sinh tại Antwerp, Bỉ, có mẹ là người Bỉ và cha là người Indonesia. Cha anh đã bỏ rơi sáu mẹ con khi anh chỉ mới 5 tuổi. Mẹ anh sau đó đã phải làm nhiều việc để kiếm sống và nuôi những đứa con.[31] Mẹ Nainggolan, bà Lizy Bogaerts, mất năm 2010 vì ung thư[32] và anh đã xăm ngày sinh và ngày mất của mẹ mình lên lưng để tưởng nhớ bà.[33]

Nainggolan có khả năng nói được bốn thứ tiếng là tiếng Hà Lan, tiếng Ý, tiếng Anh và tiếng Pháp.[34]

Ngày 19 tháng 11 năm 2015, khi đang đi nghỉ mát tại Antwerp cùng gia đình, một số vị khách ở cùng khách sạn với Nainggolan đã gọi điện báo cảnh sát vì cho rằng anh có vẻ ngoài giống khủng bố. Cuối cùng sự hiểu lầm đã được giải quyết.[35][36] Tháng 3 năm 2016, anh may mắn không trở thành nạn nhân của vụ khủng bố tại Brussels khi anh đổi chuyến bay vào phút cuối cùng để không có mặt tại Brussels khi vụ nổ bom diễn ra.[37]